בשעה 12:18 בערב, פצצת טרור מתפוצצת במוסך חניה של מרכז הסחר העולמי בעיר ניו יורק, ומשאירה מכתש ברוחב 60 מטר וגורם להתמוטטות של כמה רצפות בטון מזוין פלדה בסביבת הפיצוץ. למרות שפצצת הטרור לא הצליחה לפגוע אנושות במבנה העיקרי של גורדי השחקים, שישה בני אדם נהרגו ויותר מ -1,000 נפצעו. מרכז הסחר העולמי עצמו ספג נזק של יותר מ -500 מיליון דולר. לאחר הפיגוע פינו הרשויות 50,000 איש מהבניינים, מאות מהם סבלו משאיפת עשן. הפינוי נמשך כל אחר הצהריים.
רשויות העיר והלשכה הפדרלית לחקירה (FBI) התחייבו על חשודים מאסיבית עצומה, ובתוך ימים נעצרו כמה פונדמנטליסטים אסלאמיים קיצוניים. במארס 1994 הורשעו מוחמד סלאמה, אחמד עג'ג ', נידאל עיאד ומחמוד אבוחלימה על ידי חבר מושבעים פדראלי בתפקידם בהפצצה, וכל אחד מהם נידון למאסר עולם. סלאמה, פלסטיני, נעצר כשהלך להשיג את הפיקדון בסך 400 $ שהשאיר למכונית השכרת ריידר ששימשה בפיגוע. אג'ג 'ואייאד, ששניהם מילאו תפקיד בבניית הפצצה, נעצרו זמן קצר לאחר מכן. אבוחלימה, שעזר לקנות ולערבב את הנפצים, נמלט לסעודיה אך נתפס במצרים כעבור שבועיים.
המוח של ההתקפה רמזי אחמד יוסף נותר על כנו עד פברואר 1995, אז נעצר בפקיסטן. בעבר הוא היה בפיליפינים, ובמחשב שהשאיר נמצאו תוכניות טרור שכללו מזימה להרוג את האפיפיור ג'ון פול השני ותוכנית להפצצת 15 מטוסים אמריקאים תוך 48 שעות. בטיסתו חזרה לארצות הברית הודה יוסף בפני סוכן השירות החשאי כי הוא כיוון את ההתקפה של מרכז הסחר כבר מההתחלה ואף טען כי הציב את הנתיך שהתפוצץ בפצצת 1,200 פאונד. צערו היחיד, ציטט הסוכן כי יוסף אמר, היה שהמגדל בן 110 הקומות לא התמוטט לתאומו כקטסטרופה מתוכננת שהייתה גורמת לאלפי הרוגים.
עאד איסמויל, שהסיע את הוואן ריידר לחניון שמתחת למרכז הסחר העולמי, נלכד באותה שנה בירדן ונלקח חזרה לניו יורק. לכל הגברים שנרשמו היו קשרים עם השייח 'עומר עבדל רחמן, מנהיג דתי מצרי קיצוני שפעל מחוץ לג'רסי סיטי, ניו ג'רזי, שנמצא ממש מעבר לנהר ההדסון ממנהטן. בשנת 1995 הורשמו רחמן ועשרה עוקבים בקשירת קשר לפיצוץ מטה האו"ם וסימני דרך נוספים בניו יורק. התובעים טענו כי הפיגוע במרכז הסחר העולמי היה חלק מאותה קונספירציה, אם כי הוצגו עדויות מעט ברורות לאישום זה.
בנובמבר 1997 הורשעו יוסף ואיסמויל באולם בית המשפט במרחק כמה רחובות בלבד ממגדלי התאומים, ונידונו לאחר מכן לכלא ללא אפשרות לשחרור. רק אדם אחד נוסף האמין כי היה מעורב ישירות בפיגוע, עבדול רחמן יאסין העירקי, נותר בגדול.
לאחר הפצצות שנת 1998 על שגרירויות ארה"ב בקניה וטנזניה, החלו חוקרי ארה"ב לחשוד כי ליוסף היו קשרים לגלות הסעודית אוסמה בן לאדן, ראש האנטי-ארה"ב. רשת הטרור אל-קאעידה. לא נקבע האם בן לאדן היה מעורב למעשה בהתקפות של מגדל התאומים בשנת 1993, אולם ב- 11 בספטמבר 2019 סיימו שתי קבוצות של מחבלים אל-קאעידה את העבודה שפתח יוסף, והרסו שני מטוסים חטופים למגדל הצפוני והדרומי של מרכז הסחר העולמי.
הפלדה המבנית של גורדי השחקים לא עמדה בחום האדיר שיצר הדלק הסילוני הבוער ושניהם התמוטטו תוך שעתיים מרגע שנפגע. קרוב ל -3,000 איש מתו במרכז הסחר העולמי וסביבתו, כולל 343 כוחות כיבוי מדהימים ו 23 שוטרים שנאבקו להשלים את הפינוי ולהציל את עובדי המשרד שנלכדו בקומות גבוהות יותר. רק שישה אנשים במגדלי מרכז הסחר העולמי בעת קריסתם שרדו. כמעט 10,000 אנשים נוספים טופלו בגלל פציעות, רבים מהם חמורים.
