ברומא, ארגון המיסיונרים המיסיונרים הקתולי של ישו מקבל את אמנתו מהאפיפיור פאולוס השלישי. המסדר הישועי מילא תפקיד חשוב ברפורמציה שכנגד ובסופו של דבר הצליח להמיר מיליונים ברחבי העולם לקתוליות.

התנועה הישועית הוקמה על ידי איגנטיוס דה לויולה, חייל ספרדי שהפך לכהן, באוגוסט 1534. הישועים הראשונים איגנטיוס ושש מתלמידיו לא נדרו נדרים של עוני וצניעות ותכננו תוכניות לפעול למען הגיור של מוסלמים. אם לא ניתן היה לנסוע לארץ הקודש, הם נשבעו להציע את עצמם לאפיפיור לעבודה אפוסטולית. לא הצליחו לנסוע לירושלים בגלל מלחמות טורקיה, הם נסעו לרומא במקום להיפגש עם האפיפיור ולבקש רשות ליצור סדר דתי חדש. בספטמבר 1540 אישר האפיפיור פאולוס השלישי את המתווה של איגנטיוס של אגודת ישוע, והמסדר הישועי נולד.

תחת הנהגתו הכריזמטית של איגנטיוס, חברת ישוע צמחה במהירות. המיסיונרים הישועים מילאו תפקיד מוביל ברפורמציה הנגדית וזכו בחזרה לרבים מהאמינים האירופאים שאבדו לפרוטסטנטיות. במהלך חייו של איגנתיוס, ישועים הועברו גם להודו, ברזיל, אזור קונגו ואתיופיה. החינוך היה חשוב ביותר לישועים, וברומא הקים איגנטיוס את המכללה הרומית (לימים האוניברסיטה הגרגוריאנית) ואת הגרמניקום, בית ספר לכמרים גרמנים. הישועים ניהלו גם כמה ארגוני צדקה, כגון ארגון לזונות לשעבר ואחד ליהודים שהתגיירו. כאשר מת איגנטיוס דה לויולה ביולי 1556, היו יותר מאלף כמרים ישועים.

במהלך המאה הבאה הקימו הישועים משרדים ברחבי העולם. "הגלימות השחורות", כפי שהיו ידועות באמריקה הילידית, קדמו לרוב לאירופאים אחרים בהסתננותן לארצות זרות ולחברות. חייו של ישועי היו בסיכון עצום, ואלפי כמרים נרדפו או נהרגו על ידי רשויות זרות העוינות את משימתם להמרת דתם. עם זאת, במדינות מסוימות, כמו הודו וסין, התקבלו הישועים בברכה כאנשי חוכמה ומדע.

עם עליית הלאומיות במאה ה -18, רוב מדינות אירופה דיכאו את הישועים, ובשנת 1773 פיזר האפיפיור קלמנט ה- XIV את הסדר בלחץ של מלכי בורבון. עם זאת, בשנת 1814 נכנע האפיפיור פיוס השביעי לדרישה עממית והקים מחדש את הישועים כסדר, והם ממשיכים בעבודתם המיסיונרית עד היום. איגנאטיוס דה לויולה הוקנה בקדוש קדוש בשנת 1622.