האב ג'וניפרו סרה, מיסיונר פרנסיסקני ספרדי, מייסד את המשימה הקתולית הראשונה בקליפורניה באתר סן דייגו של ימינו. לאחר שסרה בירך את המאחז החדש שלו בנצרות במיסה גבוהה, פרצה התקן המלכותי של ספרד על המשימה, אותה כינה סן דייגו דה אלקלה.

סרה הגיע לאמריקה הספרדית בשנת 1750 ושירת במשימות סיירה גורדה ואז בדרום מרכז מקסיקו. כמיסיונר מצליח, הוא מונה לחבר משלחת היבשה הספרדית השנייה לאלטה קליפורניה בשנת 1769. כשהמפלגה הגיעה לסן דייגו, סרה נשארה עם כמה חסידים למציאת המשימה הראשונה בקליפורניה. שאר המשלחת המשיכה בחיפוש אחר נמל מונטריי, אשר שימש בעבר מלחים ספרדים. למרות שהמגלים נכשלו במטרתם, הצליחה סרה למצוא את מונטריי בשנת 1770, ושם ייסד את משימתו השנייה סן קרלוס ברומיאו.

סרה שימש לתפקיד נשיא נשיאות אלטה קליפורניה, ובסופו של דבר ייסד בסך הכל תשע משימות, שנמשכו מסן דייגו לסן פרנסיסקו של ימינו. האבות הפרנציסקנים בנו קהילות גדולות סביב משימותיהם, לימדו את הילידים האמריקאים הנוצרים לחוות ולטפל בקר, ולכוון את עבודתם. קהילות חקלאיות אלה נהנו מאוטונומיה ניכרת מצד תחילה השלטונות הקולוניאליים הספרדים ואחר כך השלטון המקסיקני, אך עם בואם של האמריקנים באמצע המאה ה -19 רובם ננטשו.